Si lors de la construction, les piscines naturelles coûtent autant que les piscines conventionnelles, cependant, leur entretien et coûts de fonctionnement sont considérablement plus faibles. Il faut compter approximativement de 400€ à 500€ par mètre carré.

Il peut être aussi possible de diminuer certains des coûts en effectuant par vous-même une partie des travaux de construction. La véritable épargne avec les piscines naturelles est sur l'équipement, l'espace de stockage des produits chimiques et le coût des produits chimiques eux-mêmes. On notera aussi que les piscines biologiques ont seulement besoin d'une visite annuelle (pour s'occuper des plantes et pour vérifier les filtres et les écumoires).